Pri uporabi peptidov se pogosto srečujemo z indikatorji čistosti peptidov in vsebnosti peptidov. Mnogi ljudje se morda sprašujejo, zakaj je njihova čistost peptidov 95 %, vsebnost peptidov pa le 80 %. To pa zato, ker gre za dva popolnoma različna pojma.
Čistost peptida: Čistost peptida se nanaša na količino ciljnega peptida, zaznanega pri 214 nm (214 nm je absorpcijska valovna dolžina peptidne verige) z analizo HPLC.
Vsebnost peptidov: To se nanaša na odstotek peptidov glede na ne-peptidne snovi v vzorcu.
Čistost peptida se nanaša na vsebnost ciljnega peptida, zaznanega s HPLC pri 214 nm (214 nm je absorpcijska valovna dolžina peptidne verige). Poleg ciljnega peptida lahko HPLC zazna nečistoče, vključno z: izbrisanimi sekvencami (tarčne sekvence, ki jim manjka en ali več aminokislinskih ostankov), skrajšane sekvence (sekvence, ustvarjene med zaščito) in nepopolno deprotektirane sekvence (kar ima za posledico proces sinteze ali končni proces cepitve). Vendar HPLC ne more zaznati vode in ostankov soli, kot sta trifluoroacetat (TFA) in acetat. Med sintezo peptidov se peptidno zaporedje odcepi od smole z uporabo TFA, majhna količina TFA pa nastane tudi med čiščenjem. Zato lahko prosti amino konec in druge stranske verige peptida, kot so Arg, Lys in His, ustvarijo majhne količine nečistoč TFA. Druga težava je vlaga. Peptidi se običajno dehidrirajo z liofilizacijo, vendar bo kljub temu voda prisotna v različnih stopnjah, odvisno od sposobnosti kovalentne vezave. Zato dostavljeni peptidi običajno vsebujejo soli TFA in vode v sledovih, ki jih ni mogoče zaznati s HPLC, kar vodi do razlik v vsebnosti in čistosti peptidov.
